LifeCode-2018 прошел в Технопарке Академгородка. Непосредственно перед ним в НГУ
была проведена Школа молодых ученых "Компьютерное моделирование
структуры и динамики биомолекул": больше половины участников хакатона
посетили ее, что позволило им узнать о современных компьютерных методах в
биологии и познакомиться друг с другом. На Школе были лекции и
практикумы специалистов, а также стендовые и устные доклады участников -
студентов, аспирантов и молодых ученых из разных городов.
На
хакатоне LifeCode-2018 участникам было представлено несколько задач из
разных областей биоинформатики. Каждая команда выбрала задачу себе по
вкусу, и почти двое суток работала над ее решением. В конце мероприятия
команды показали презентации своих работ. Жюри, состоящее из ученых и
представителей бизнеса, выбрало победителей, которые получили подарки и
денежные призы. Но г лавным результатом хакатона является то, что спустя
три месяца многие команды продолжают развивать свои проекты.
Представитель
команды, занявшей перовое место Иван Петрушин рассказал, что узнал о
хакатоне и школе еще в феврале, когда первый раз участвовал в школе по
биоинформатике в НГУ,
посвященной геному человека. Его команда выбрала актуальную для
Новосибирской области задачу - подбор ингибиторов белков вируса
клещевого энцефалита с помощью докинга. Проект сейчас продолжается
совместно с сотрудниками ГНЦ ВБ "Вектор", планируется экспериментальная
проверка влияния найденных ингибиторов на вирус.
- Очень
интересна оказалась тема моделирования биополимеров, взаимодействия их с
малыми молекулами, что часто необходимо при дизайне лекарств. Лекторы
школы познакомили с важными инструментами: Discovery Studio Visualizer,
PyRx и UGENE. Особенно интересно было пообщаться непосредственно с
разработчиками UGENE. Доклады участников здорово развили кругозор по
теме, заставили взглянуть по-новому на некоторые методики. Хакатон - это
отличный шанс поработать над реальной задачей, получить навык командной
работы, почувствовать атмосферу драйва и увлеченности. Часто работа на
хакатоне становится началом совместной работы, что порой важнее призов, -
говорит Иван Петрушин.
Команда, занявшая второе место, решала
задачу о разпознавании изображений, получающихся при анализе повреждений
ДНК методом ДНК-комет. Дальнейшая работа над проектом идет совместно с
норвежской компанией NorGenoTech, которая предложила эту задачу на
хакатон и предоставила изображения для анализа.
- После хакатона я
начала исследовать возможности программы 3Д-моделирования Blender по
работе с пространственными структурами белков. Мое решение задачи по
укладке амилоидных фибрилл, которое я представила на хакатоне, было еще
предварительным. Сейчас я на планирую все сделать на более высоком
уровне, и надеюсь, что вместе с товарищами по команде мы опубликуем
статью, - отметила Зинаида Радькова, одна из участниц LifeCode-2018.
Команда,
занявшая третье место, выбрала темой своего проекта работу с базой
данных сплайсинговых вариантов белков. Автор задачи, Нина Опарина,
работает в Стокгольмском университете. В начале июля она приезжала в
Новосибирск и встретилась с участниками хакатона, чтобы обсудить
развитие разработанного ими веб-сервиса и подготовку публикации в
научный журнал.
Мероприятие проходило при поддержке Проекта 5-100.
Призеры хакатона LifeCode-2018 активно работают над проектами, представленными на мероприятииНовосибирский государственный университет (nsu.ru), 20.08.2018