Основные традиции научной деятельности института были заложены академиками А. А. Трофимуком и А.Л. Яншиным. По инициативе академика А. А. Трофимука в 1957 г. был создан Институт геологии и геофизики (ИГиГ) СО АН СССР, с момента организации которого ведется летопись Института нефтегазовой геологии и геофизики (ИНГГ СО РАН), существующего в настоящее время.
18 мая 1957 года, в целях интенсификации комплексного освоения просторов Сибири и Дальнего Востока, Правительством СССР было принято решение о создании Сибирского отделения Академии наук СССР с центром в Новосибирске. Этому решению предшествовали ознакомительные поездки академиков М. А. Лаврентьева и С. А. Христиановича по сибирским городам, благодаря чему было выбрано место закладки Академгородка. Седьмого июня 1957 г. в числе первых 10 создаваемых академических институтов Президиум АН СССР назвал и Институт геологии и геофизики (ИГиГ).
Это был первый в стране опыт объединения в одном научном учреждении специалистов почти всех направлений современной геологической науки. Сибирь с ее гигантской труднодоступной территорией сложнейшего геологического строения и с богатейшими природными ресурсами в научном плане требовалось изучать только комплексно. Создание ИГиГ в Академгородке, где действовали другие разнопрофильные институты, позволяло привлекать к сотрудничеству их научный потенциал и аппаратуру для решения геолого-геофизических задач.
Инициатором создания института был член-корреспондент АН СССР, позже академик, Герой Социалистического Труда (1944), дважды лауреат Сталинской премии 1 степени (1946, 1950), геолог-нефтяник Андрей Алексеевич Трофимук. Двадцать первого июня 1957 г. он был назначен Президиумом АН СССР директором создаваемого Института, а 2 ноября Общим собранием Академии наук утвержден в этой должности, которую занимал до 1988 г. До последних дней своей жизни А. А. Трофимук оставался Почетным директором ИГиГ (ОИГГМ СО РАН).
Перед тем как заняться организацией института, А А. Трофимук вел обширную переписку с руководством ряда академических и отраслевых институтов геологического профиля, а также с будущими своими помощниками — Б. С. Соколовым, А. Л. Яншиным, В. С. Соболевым, В. М. Кляровским, Э. Э. Фотиади, Г. Л. Поспеловым и другими по поводу основных направлений института и отдельных лабораторий, тщательного подбора кадров и приема талантливой научной молодежи. Согласно распоряжению Правительства, Сибирскому отделению на три года было предоставлено право первоочередного отбора молодых специалистов. Первые 10 лет существования института большинство научных работников составляли выпускники томских, московских и ленинградских вузов. С 1981 г. кадровый состав института пополнялся преимущественно за счет новосибирских вузов. Новосибирский государственный университет стал основной базой пополнения научных кадров института.
Институт геологии и геофизики СО АН СССР (ИГиГ)
Объединённый институт геологии, геофизики и минералогии им. А.А. Трофимука СО РАН (ОИГГМ)
Институт нефтегазовой геологии и геофизики им. А.А. Трофимука СО РАН (ИНГГ)