В работе предлагается алгоритм построения специальной иерархической структуры представления данных КТ- или МРТ-сканирования для искусственных или нативных сред со множеством сложных внутренних границ. Выполняется конвертация стека послойных изображений в градациях серого в сеточное разбиение, состоящее на верхнем уровне иерархии из полиэдральных (полигональных для 2D случаев) макроэлементов, а на микроуровне - из тетраэдров (треугольников для 2D). Полученные разбиения ориентированы на приложение в конечноэлементном многомасштабном моделировании и могут быть применены для решения широкого круга многофизичных задач.