В работе представлены результаты расчета трехмерной гидрохимической модели юрско-меловых отложений Западно-Сибирского мегабассейна в виде карт изменения гидрохимических параметров по отдельным свитам и серии разрезов. Расчеты выполнены на разработанном программном модуле трехмерного моделирования, обеспечивающем эффективную обработку больших объемов гидрогеохимической информации и автоматизированных вычислений с заданными модельными условиями для комплекса водорастворенных компонентов. В основу модуля заложен метод, основанный на предварительном расчете условно-двумерных профилей и учитывающий структурно-литологическую неоднородность отложений. Преимуществом модуля является возможность внесения различных модельных условий при расчете трехмерных моделей и его доработки под различные задачи. На основе используемого метода приводятся результаты построения модели с учетом блокового строения территории, с возможностью реализации этих построений в программном модуле.