Наукометрический подход к оценке результативности научной деятельности приобретает все большую популярность. В России по инициативе Президента и Правительства РФ этот подход развивается в рамках Федеральной системы мониторинга результативности деятельности научных организаций, выполняющих научно-исследовательские, опытно-конструкторские и технологические работы, и связанной с ней оценки. Авторы анализируют результаты количественных расчетов для ведомственной оценки ФАНО России по методике, утвержденной Министерством образования и науки РФ. Предложены и обоснованы относительно небольшие изменения, позволяющие значительно улучшить методику и сбалансировать результаты.