Тектономагнитный мониторинг чаще всего проводится в районах расположения тел с аномальными значениями магнитных свойств (магнитной восприимчивости и остаточной намагниченности), поскольку они являются индикаторами изменения напряженного состояния земной коры. Однако при проведении модульных измерений возникают вторичные эффекты геомагнитных вариаций, амплитуда которых превышает ожидаемый магнитоупругий эффект. Была предложена методика определения коэффициентов линейной зависимости величины вторичных эффектов геомагнитных вариаций от компонент этих вариаций. Применен метод сингулярного разложения для выявления оптимальных периодов вариаций для расчета коэффициентов. После исключения вторичных эффектов из результатов наблюдений на пунктах Заречье-1 и Сухая-2 удалось снизить среднеквадратическое отклонение разностных значений модуля вектора магнитной индукции между данными пунктами и базовой станцией Энхалук в 4 раза.