Освещаются результаты изучения состава, структуры и полиморфных модификаций глинистых минералов, слагающих донные осадки оз. Байкал. Установлено, что раннедиагенетическое преобразование глинистого вещества на участках вне зон влияния выходов углеводородов связано с процессами иллитизации смектита, унаследованными от обстановок дренажных систем. В областях высачивания углеводородов изменения протекают интенсивнее и глубже, за счет широкого развития микробного сообщества окисляющего нефть или метан. Особенности метаболизма способствуют упорядочению структуры смектита через смешанослойные образования (иллит-смектит) к политипу 1М, а затем 2М.