Рассмотрены основные результаты гидрогеоэкологических исследований водных объектов в бассейне Томи, проведенных в 1990-2000-е гг. Томским политехническим университетом, Институтом геологии нефти и газа СО РАН и другими организациями. Охарактеризовано качество природных вод региона. Выявлены многолетние изменения гидрологического режима территории, наиболее важными из которых являются увеличение подземной составляющей речного стока и смещение сроков наступления гидрологических сезонов. Показано, что чрезмерно критическое отношение к водохозяйственной деятельности может приводить к негативным последствиям