При неотектонической активизации Салаира произошла реактивация крупных региональных разломов, формирующих общий структурный каркас Алтае-Саянской складчатой области. Активизации подверглась серия дугообразных разломов, очерчивающих структурную дугу Салаира и отделяющих Салаирскую аллохтонную пластину от смежных тектонических зон. Эти разломы, образованные в позднем палеозое, неоднократно реактивировались в мезозое и испытывают активизацию на неотектоническом этапе. Внутри же Салаирской аллохтонной пластины преобладает хрупкое разрушение по сети малоамплитудных разрывов, секущих линейные контакты палеозойских надвиговых пластин. Новейшие тектонические нарушения Салаира контролировали эрозионное расчленение территории, что привело к формированию дренажной системы с ярко выраженным решетчатым рисунком. Амплитуды относительных вертикальных движений на границах между неотектоническими блоками Салаира не превышают 100 м, и в новейшей структуре он проявлен как единый мегаблок размером 80x250 км. Дифференцированные движения хорошо проявлены на южной, северной и восточной границах мегаблока, где составляют 100-200 м. Для северо-западной и юго-восточной границ типичен взбросовый характер, а движения по кулисообразной северо-восточной имеют явные признаки взброса и правосдвиговый характер. Толщина Салаирского мегаблока, по магнитотеллурическим данным, увеличивается с востока на запад с 5 до 15 км в северной части блока и 10 до более чем 20 км в южной его части. Снизу он ограничен зоной низких сопротивлений, которая интерпретируется как зона субгоризонтального разделительного срыва. Формирование нижнего ограничения Салаирского мегаблока произошло в мезозое и лишь активизировано на неотектоническом этапе. Анализ пространственного распределения, деформированности и литологии юрских отложений предгорных впадин вокруг Салаира показывает, что структурный план кайнозойской активизации в целом наследует мезозойский, но отличается от него примерно в 10 раз меньшими масштабами вертикальных смещений.
