Описаны разнообразные процессы, приводящие к изменению осадочных пород палеозоя в нефтеносных районах Томской области - каолинитизация кремнистых и карбонатных пород, окремнение, перекристаллизация, хлоритизация, появление аутигенных полевых шпатов, рассеянной сульфидной минерализации и др. Изменения носят эпигенетический характер и вызваны разогретыми до высокой температуры минерализованными подземными водами.