Глубинный разлом, в пределах которого расположен Томский массив, характеризуется зональным расположением метаморфических пород и гранитоидных образований. В общей схеме зональности гранитоиды Томского массива занимают осевое положение и являются метасоматически-палингенными пародами, образованными в результате процессов метаморфизма и гранитизации в зоне глубинного разлома